一是加大扶持力度，引入“领跑者”制度。对一般性企业污染治理项目给予投资额30%的补助，最高扶持金额由200万元提高至300万元。在提高一般性污染治理项目扶持上限的基础上，新办法还引入“领跑者”制度，对于污染物排放低于执行标准50%的污染治理项目补助标准由30%提高至50%，最高补助可达500万元。通过提高补助标准，鼓励污染治理从“底线约束”向“底线约束”与“先进带动”并重转变。
二是细化资金扶持范围。修订后办法将资金扶持范围划分为污染治理、清洁生产和生态环保能力建设三大类，并将第三方环保服务项目纳入扶持范围，范围覆盖面更广，划分界限更清晰。
四是完善项目跟踪和监督制度。建立项目储备库，及时掌握项目进展，并尝试试行“第三方环境监理制度”，通过第三方监督，加强对污染治理项目实施过程的监督管理。
自2011年厦门市环境保护专项资金实施以来，补助各类大气、水污染治理、污染减排、重金属专项治理、畜禽养殖治理、清洁生产和环保能力建设等项目共206个，合计补助达2亿元，为促进该市污染防治和生态保护、改善生态环境质量发挥了重要作用。
