为落实补偿资金，江西把流域生态补偿与国家生态文明试验区建设、鄱阳湖生态经济区建设、赣南等原中央苏区振兴发展等有机结合。采取中央财政争取一块、省财政安排一块、整合各方面资金一块、设区市与县（市、区）财政筹集一块、社会与市场募集一块的方式筹措流域生态补偿资金。
根据办法，江西将在保持国家重点生态功能区各县转移支付资金分配基数不变的前提下，采用因素法结合补偿系数对流域生态补偿资金进行两次分配，并将水质作为主要因素，同时兼顾森林生态保护、水资源管理因素，对水质改善较好、生态保护贡献大、节约用水多的县（市、区）加大补偿力度。
办法同时规定，流域范围内所有县（市、区）对促进全省流域可持续发展和水环境质量的改善承担共同责任。综合考虑流域上下游不同地区受益程度、保护责任、经济发展等因素，在资金分配上向连片特困区、“五河一湖”及东江源头保护区等重点生态功能区倾斜，体现共同但有区别的责任。
